إنّ المياه الجوفية في باطن الأرض نظيفة في الأصل وغير ملوّثة، لكن قد تتعرض للتلوث والبكتيريا الضارة نتيجة عوامل خارجية تتمثل في ما يأتي:
1- أخطاء فنية في عملية تصميم آبار المياه، كأن يتم حفرها بالقرب من المجاري والبالوعات، أو بالقرب من مجاري السيول والفيضانات، أو ألا يتم عزل المهجور منها عن المستخدم، مما يؤدي إلى تسرب الميكروبات والأملاح والفيروسات إليها.
2- التخلص غير السليم من فضلات نواتج النشاط الحيواني والانساني سواء التجاري أم الزراعي، بما في ذلك إلقاء فضلات المصانع في مياه البحر أو المحيط مما يترتب عليه اختلاط مياه البحر أو المحيطات إلى المياه الجوفية عند تساوي المنسوبين.
